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四川省文物考古研究院前身可追溯至1953年成立的四川省文物管理委員會（辦公室）。1958年四川省文物管理委員會（辦公室）與四川省博物館合署辦公。1981年四川省文物管理委員會正式恢復，四川省文物管理委員會（辦公室）單獨建制，為四川省文化廳直屬事業單位。1985年四川省文物管理委員會（辦公室）增掛“四川省文物考古研究所”牌子，并于2004年更名為“四川省文物考古研究院”。2019年、2021年，經中共四川省委機構編制委員會辦公室批準，四川省文物考古研究院先后增掛“三星堆研究院”“四川石窟寺保護研究院”兩塊牌子。2022年，經中共四川省委機構編制委員會批準，核定四川省文物考古研究院事業編制185人。四川省文物考古研究院現為四川省文物局直屬公益一類事業單位，兼具考古、文化遺產保護、文物保護修復、《四川文物》編輯出版四大職能，下設黨群辦、辦公室、人事科、財務科、項目管理辦公室、科研管理辦公室、文物信息中心、革命文物保護研究中心、《四川文物》編輯部、國際合作與交流中心、文化遺產保護研究所、文物保護修復研究中心、舊石器考古研究所、新石器考古研究所、商周考古研究所、歷史時期考古研究所、民族考古研究中心、科技考古中心、四川石窟寺保護研究院（石窟寺保護工程研究所）、四川石窟寺保護研究院（石窟寺考古研究所）等部室及皮洛遺址工作站、城壩遺址工作站、羅家壩遺址工作站、會理考古工作站、廣元考古工作站、江口遺址工作站、三星堆遺址工作站等派出機構。

通過多年實地調查核實，我院逐漸摸清了四川文物資源家底。四川省第一批全國重點文物保護單位和省級文物保護單位名錄即基于20世紀50年代我院開展的四川省第一次全國文物普查成果。我院在完成20世紀80年代四川省第二次全國文物普查工作后，先后承擔了《四川省志 · 文物志》《中國文物地圖集 · 四川分冊》的編撰任務，兩書分別于2001年、2010年獲得四川省第九次、第十四次哲學社會科學優秀成果一等獎。2007—2011年，我院又主持了四川省第三次全國文物普查工作，確認文物點65231處。近年來，我院承擔了蜀道調查、四川古代石刻文字調查、四川省革命文物專項調查、四川省黃河流域文物資源調查、四川石窟寺（含摩崖造像）專項調查、四川省長江流域文物資源調查等工作，為后續文物保護利用工作奠定了堅實基礎。 

我院積極配合基本建設，先后完成三峽水電站、二灘水電站、向家壩水電站、烏東德水電站、白鶴灘水電站、渝昆高鐵四川段等國家大型基本建設中的考古及文物搶救保護工作，為國家級重大工程的順利開展作出了貢獻。

至今，我院考古項目共入選“全國十大考古新發現”11項、“中國考古新發現”5項、“田野考古獎”3項、“百年百大考古發現”2項、“新時代百項考古新發現”5項，三星堆遺址、羅家壩遺址、城壩遺址入選“十三五”“十四五”時期大遺址。這些考古發現，為構建四川考古學文化序列與時空框架起到了標桿作用，是“實證中國百萬年的人類史、一萬年的文化史、五千多年的文明史”的重要文物資源。 

歷年來經我院發掘出土的文物有幾十萬件，經我院保護修復的文物有數萬件，我院為各級文博機構提供了大量館藏、展陳文物。 

我院主持文物保護規劃、文物修繕設計、文物保護工程監理等項目400余項，業務延伸到西藏、廣西、陜西等13個省外地區。峨眉山—樂山大佛、都江堰—青城山、大足石刻、元上都遺址、絲綢之路等世界遺產，蜀道、古蜀文明遺址、中國白酒老作坊、藏羌碉樓與村寨、景德鎮御窯遺址等列入中國世界文化遺產預備名錄的遺產，我院都主持或參與了考古或文物保護工作。 

我院主持或參與課題近百項，其中國家級課題30個，省部級課題37個。三星堆遺址納入“中華文明探源工程”，“川渝地區巴蜀文明進程研究”“蜀道考古”先后納入國家文物局“考古中國”重大項目。近期在研的國家社科基金重大項目1項、國家社科基金重點項目2項、國家社科基金一般項目2項、國家社科基金西部項目1項，科技部國家重點研發計劃課題1個、國家重點研發計劃子課題2個。發表學術論文、考古簡報千余篇，出版著作、報告百余部，申請專利40余項。 

《四川文物》自1984年創刊以來，截至2022年底，已編輯發行226期，入選“全國中文核心期刊”“中國人文社會科學核心期刊”，為四川省、西南地區乃至全國考古文博專業人員提供了一個展示科研成果、促進學術交流的平臺。 

2021年10月26日，中共中央組織部、中共中央宣傳部、人力資源和社會保障部、科技部聯合下發《關于表彰第六屆全國杰出專業技術人才和專業技術人才先進集體的決定》，四川省文物考古研究院榮獲“第六屆全國杰出專業技術人才先進集體”表彰。

“全國杰出專業技術人才”是國家授予專業技術人員的崇高榮譽，重點表彰在關系經濟社會高質量發展的重大國家戰略、重大工程項目、重大基礎科學研究、關鍵核心技術攻關等領域中涌現出來的領軍人才等高水平專業技術人才，曾于1999年、2002年、2006年、2010年、2014年在全國范圍內評選過五次，今年是第六次。本次表彰，全國共有93名個人、97個集體獲此殊榮。四川省僅2名個人和2個集體榮獲表彰，這也是我省文博機構首次獲得該項全國大獎。

2022年7月22日，人力資源和社會保障部、國家文物局聯合下發《關于表彰全國文物系統先進集體、先進工作者和勞動模范的決定》，四川省文物考古研究院（三星堆研究院、四川石窟寺保護研究院）榮獲“全國文物系統先進集體”表彰。 

全國文物系統先進集體、先進工作者和勞動模范表彰由人力資源和社會保障部、國家文物局進行，每五年評選一次，以期表彰先進、樹立典型、弘揚正氣，激勵全國文物系統廣大干部職工充分發揮積極性和創造性，不斷開創文化遺產事業發展的新局面。

這些榮譽是對我院工作的高度認可，在倍受激勵和鼓舞的同時，也讓我們深感重任在肩。今后，我院將繼續堅持中國特色社會主義文化發展道路，深入學習貫徹習近平文化思想，以昂揚向上的精神風貌，直面機遇和挑戰，團結拼搏，開拓創新，不忘初心，不負使命，全面提升文物保護、管理、研究、利用水平，為推動四川文物事業高質量發展、推進社會主義文化強國建設作出積極貢獻。